依据生态效益优先、保护与利用结合、全面规划、因地制宜等建设原则，2005年—2010年期间，全国将投资90.04亿元，用于湿地保护、湿地恢复、可持续利用示范、社区建设和能力建设等5个方面的重点建设工程。
湿地保护优先工程。一是加强自然保护区和国际重要湿地建设，建立完善的湿地自然保护区（小区）网络。二是湿地污染控制，建立全国湿地生态环境监测和评价体系，及时监测、预测预报湿地污染和生态环境动态。
湿地恢复优先工程。一是加强水资源的调配与管理，确定全国、流域和省区水资源配置方案及水资源宏观控制指标体系和水量分配指标。二是开展湿地恢复和综合整治工程，包括在生物多样性丰富的低产农田区实施退耕还湖（泽、滩）工程，在退化和被改造的滩涂区实施恢复与重建工程，在土地沙漠化趋势严重的湿地区实施工程退牧育林还草、封沙育林育草、休牧（轮牧）育林育草工程，已退化沼泽草地进行改良，恢复天然植被和水禽栖息地，在沿海退化红树林地区进行红树林生态恢复工程的试验示范等。
可持续利用示范优先工程。结合部门职能和行业特点，选择具有开发潜力、又有示范意义的区域和项目，多形式地开展湿地资源可持续利用示范区建设。在农区湿地，规划建立国家级农牧渔业综合利用管理示范区和农牧渔业可持续利用湿地管理区；在南方大江大河的三角洲地区，建立新型的人工湿地高效生态农业模式试验示范区，形成林—农—水产立体生态结构的“基塘”模式体系；在长江中游人口压力大、人地矛盾突出的地区，适当发展堤垸水产开发，根据实际情况开展湿地资源合理利用模式示范项目；在典型滨海湿地海水养殖开发区域；研究推广适用的养殖优化技术和生态养殖技术，推进滨海湿地海水养殖产业的合理化和科学化进程。
社区建设优先工程。以保护为中心设计发展项目，通过多种形式，大力推广有利于湿地可持续利用的发展项目。因地制宜地扶持社区进行产业结构调整，鼓励开展非资源消耗性产业的发展。在一些不适合人类生活和生态脆弱的湿地区域，开展生态移民工程。
能力建设优先工程。一是国家湿地资源监测中心、湿地监测站点等湿地监测体系建设，利用“3S”技术编制全国湿地保护与合理开发利用电子地图集；二是湿地宣教培训中心、野外培训基地和人员培训等宣传教育培训体系建设；三是中国湿地研究中心、省级研究机构（省级林业科研院所）及基层研究机构和信息化网络等科学研究、技术支撑体系建设；四是认真履行《湿地公约》等有关的国际公约，全面提高现有和新增国际重要湿地的监测、保护和管理水平，并建立全国国际重要湿地保护网络，加强国际合作与交流。
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